两部苹果手机使用同一id，我却看不到对方的通话记录，是对方的设置问题吗？

这很正常啊！两部手机既然都能通话，那就说明是有两个不同的号码（因为不可能同一个电话号码有两张电话卡），而两个号码之间和你的Apple ID 有什么关系？在电话通讯这一块，它们是不同的个体，是独立存在的，根本不受Apple ID的影响，所以它们彼此的通讯录都不会有另一个电话号码的记录。

两部手机用同一Apple ID，所共通的只能是苹果系统之间的通讯，所以你能看到的只能是FaceTime和iMessage记录，甚至还可以直接接收到，因为这才是需要通过苹果系统的程序。